內分泌外科醫生所進行的手術中，最普遍是甲狀腺手術。大部份病人是患有結節性腫或腺瘤，30%的病人是患有甲狀腺惡性腫瘤。另外，佔有15%的病人需接受胸骨後甲狀腺腫手術及甲狀腺再次切除手術。手術治療亦適用於甲狀腺功能亢進症患者；例如：年輕、巨大甲狀腺腫或眼球外凸、藥物治療失敗、有可疑結節及拒絕接受放射性碘治療的病人。再者，預防性甲狀腺切除術，適用於經基因測試診斷為家族性遺傳甲狀腺髓樣癌患者。

甲狀腺手術  
甲狀腺結節
偶發性甲狀腺腫   
甲狀腺癌